В історичних писемних джерелах село під такою ж назвою вперше згадується 1494 року у зв’язку з розмежуванням володінь панів Яна та Петра Олеських. Втім, археологічні знахідки свідчать про заселення території села ще у XII-XIII століттях.
У податковому реєстрі 1515 року село документується для обслуговування замку.
У 1648 році, як свідчать архівні матеріали, село зазнало значних руйнувань та людських втрат. Один з документів, датований 30 липнем 1649 року, описує присягу жителів села, що залишилися живими, про те, що вони не можуть сплатити податків, бо «село зруйноване, частина мешканців 29 травня 1648 року загинула в бою, а частина потрапила у полон».
Заболотці згадуються також у перших поземельних кадастрах Галичини — Йосифінській (1785-1788) та Францисканській (1819-1820) метриках. Так до 1789 року село належало до домінії в Олеську та Бродівського циркулу, від 1789 року Заболотці входили вже до складу Золочівського циркулу.
У 1890 році в селі та присілках Переліск і Волковатище мешкало 1482 особи, з них: 1349 — греко-католики, 110 — римо-католики та 104 — юдеї або ж 1342 — русинів (українців), 206 — поляків та 9 — німців.
За Польщі в селі діяла філія руханково-пожарного товариства «Луг», незмінним головою якого був Роман Дашкевич, чоловік Олени Степанів-Дашкевич. Керівниками окремих груп були досить відомі в окрузі люди. Для виховання молоді «Луг» мав велике значення, оскільки був статутно не лише руханково-спортивним товариством, але проводив фактично військову підготовку серед своїх членів.
«Луг» перебрав на себе місію і традицію Українського Січового Стрілецтва та вірить, що доведе її до позитивного та успішного кінця…
Усвідомлення, що «Луг» є зав’язком майбутньої української армії, прихиляє до нього симпатії свідомої селянської молоді. Члени товариства «Луг», через який перейшло багато заболотцівських юнаків і дівчат, розуміли тоді, що «людина, щоб могла з користю працювати для добра нації, мусить бути здорова, сильна, метка, відважна, підприємлива».
Після окупації Галичини Червоною армією, у вересні 1939 року Заболотцівський революційний комітет очолив місцевий комуніст Кожан О.. У 1940—1941 та 1944—1959 роках село було адміністративним центром Заболотцівського району, що у березні 1959 році був ліквідований, а його населені пункти увійшли до складу Бродівського району.
У повоєнний час, а саме у період 1944—1951 років, в околицях села активно діяли підрозділи УПА. Так, у ніч на 27 квітня 1945 року підвідділ сотні «Дружинники ІІІ» куреню золочівської округи «22» здійснили стрімкий напад на тодішній районний центр Заболотці. Після знищення блокпосту на в’їзді у село, було знищено також поштову управу та обстріляно будівлі райвідділів НКВС, МГБ та в’язниці. Під час бою було знищено 29 осіб з числа військової залоги, у тому числі й начальник райвідділу НКВС, багато поранених, а також здобуто численних трофеїв.
Інколи перестрілки відбувалися й поміж групами місцевого райвідділу МГБ. Так, взимку 1947 року на хуторі Шеметів, села Заболотці, мвдистами була пограбована хата селянки Шеметівської Параскевії. Під час пограбування пострілом у голову вбили 70-літню бабусю, яка не хотіла віддати свого кожуха, у якому була одягнена. Застріливши її, бандити здерли з неї кожух. Скінчивши грабити, почали ладувати все на підводи. У цей час від села Кадлубиська до Заболотців поверталася інша група мвдистів. Грабіжники почали втікати, ті, що проходили повз хату, прийняли їх за упівців та почали стріляти, при чому двох з них вбили. Ранених забрали в район, а справу із пограбування та смерті місцевої мешканки навіть не відкрили.
За радянських часів в селі діяв колгосп ім. Чапаєва, що спеціалізувався на вирощуванні зернових та технічних культур.
У липні 1992 року в Заболотцях відбулося перепоховання останків воїнів УПА.
Нині в селі діють КНП «Заболотцівська сільська лікарня» (керівник Мартин Оксана Петрівна), Народний дім «Просвіта» (керівник Сало Ганна Іванівна), аптека, ОНЗ «Заболотцівський заклад загальної середньої освіти І-ІІІ ступенів» (директор Стрехалюк Марія Іванівна), Заболотцівський дошкільний навчальний заклад (директор Черніховська Галина Степанівна)., а також у Заболотцях діє геріатричний заклад, що займається профілактикою та лікуванням хвороб старечого віку.
2008 року у селі реалізували проект з покращення пасовищ за підтримки канадського агентства з міжнародного розвитку СІДА. Спочатку це викликало лише негативні емоції у селян, але люди почали виходити на пасовища, викорчовували кущі, підживлювали землю спеціальними добривами, огородили територію. Невдовзі 28 гектарів пасовищ привели до ладу та встановили на них електропастухи. Згодом був створений сільськогосподарський обслуговуючий кооператив «Покрова», що займається заготівлею, охолодженням та реалізацією молока.
